Setupプロジェクトに出力ファイルを登録します。
ソリューションエクスプローラーソリューションエクスプローラーの『Setupプロジェクト』で右クリック➡『View』➡『ファイルシステム(F)』でFile Systemを開きます。
File System『Application Folder』で右クリック➡『Add』でプロジェクト出力(P)…をクリックします。
プロジェクト出力出力対象プロジェクトを指定して『PublishItemsOutputGroup』を選択します。
構成は『(アクティブ)』を選択します。
『OK』で閉じます。
その他、同時にインストールするフォルダーやファイルをApplication Folderに追加します。